Wie die Nationalsozialisten nach 1933 die Burg in Beschlag nehmen, erlebt Bonneß nicht direkt, denn er muss sich um seinen eigenen Verlag Bonneß & Hachfeld kümmern. Der Erfolg des Unternehmens beruht auf seinen "Fernlehrbriefen" nach der Methode Rustin. Zum Selbststudium werden für viele Sparten (moderne Fremdsprachen, Jura, Beamtenrecht, Musikwissenschaft, Technikerschulung, Vorbereitung auf das Abitur) Materialien angeboten. Auch Gastronomieführer, die ersten im Deutschen Reich, bringt Bonneß heraus.
Als die Nazis 1933 an die Macht kommen, weigert er sich hartnäckig, Propagandaschriften zu drucken. Mehr noch: Er kritisiert offen das NS-Regime und macht die braunen Machthaber lächerlich, etwa dadurch, dass er Hitler-Witze erzählt.
Nachdem ihn ein Rechtsanwalt denunziert hat, wird er im August 1943 von der Gestapo verhaftet. Nach monatelangen Verhören erfolgt im Februar 1944 ein Prozess vor dem Oberlandesgericht Brandenburg. Bonneß wird nach dem "Heimtückegesetz" zum Tode verurteilt, "da er durch defätistische Reden den deutschen Selbstbehauptungswillen zu zersetzen versucht hat".
Vor "Blutrichter" Roland Freisler
KLIO-Freunden gelingt es, eine Wiederaufnahme des Verfahrens zu erwirken. Dieses findet am 8. Juli 1944 am Berliner Volksgerichtshof unter dem Vorsitz des als "Blutrichter" bekannten Roland Freisler statt. Seine besondere Perfidie besteht darin, dass er scheinbar auch Entlastendes würdigt. So heißt es im Gerichtsprotokoll: "Bonneß interessierte sich immer für den deutschen Wehrgedanken und schuf das bekannte Zinnsoldatenmuseum auf der Plassenburg ... Bonneß legte Wert auf die Feststellung, dass unter diesen sich ein naturgetreues Schaubild des Nürnberger Parteitags und des Staatsaktes vor der Potsdamer Garnisonskirche befindet."
Andererseits findet Freisler "Beweise", dass der Verleger als Mitglied der Freimaurerloge "Teutonia zur Weisheit" konspirative Kontakte zu jüdischen Sammlern unterhalten habe. Geladene Entlastungszeugen werden eingeschüchtert, bis sie ihre Aussagen der Voruntersuchung zurücknehmen.
Mit dem Fallbeil hingerichtet
Unter den Zuhörern im Gerichtssaal sitzen auch Ewald-Heinrich von Kleist, Fritz-Dietlof Graf von der Schulenburg, Georg-Sigismund von Oppen und Hans Karl Fritzsche, die dem geheimen Widerstand angehören und wenige Tage später am Attentat auf Hitler in der Wolfschanze beteiligt sein werden. Sie bewundern den Angeklagten wegen seiner Haltung und Tapferkeit.
Am 8. Juli 1944 ergeht das Urteil gegen den Verleger: Wegen "Wehrkraftzersetzung" und "Feindbegünstigung" wird er zum Tode verurteilt und am 4. Dezember im Zuchthaus Görden mit dem Fallbeil hingerichtet.Erst Jahrzehnte nach dem Krieg (1998) wird Bonneß rehabilitiert. In Potsdam ist sogar eine Straße nach ihm benannt.