Ein am Segnitzer Mainufer stationiertes deutsches Flakgeschütz kam nicht mehr zum Einsatz. Die Besatzung setzte sich bei Beginn der amerikanischen Angriffe ab und ließ neben der Kanone sogar Teile ihrer Ausrüstung zurück. Das Geschütz zog man anschließend auf eine Wiese unterhalb von Segnitz, um möglichst keine Verteidigungsbereitschaft zu demonstrieren. Dennoch kam es während der täglichen Jagdbomber-(Jabo)-Attacken zu einem Bombenabwurf auf Segnitz.
Amerikanische Tiefflieger, die Personen am Segnitzer Berg erkannt hatten, warfen zwei Bomben ab. Dort hielt sich die Segnitzer Schullehrerin mit ihren Schülern auf, um in einem Keller mit Grabarbeiten einen größeren Schutzraum zu schaffen. Eine Bombe detonierte in der Nähe und riss einen Trichter in den Pfaffensteig, verursachte aber sonst keinen nennenswerten Schaden. Die zweite Bombe, ein Blindgänger, tauchte im Jahr 1966 bei Planierarbeiten anlässlich der Weinbergflurbereinigung auf und konnte entschärft werden.
Ein anderer Angriff aus der Luft am 2. April galt vermutlich der Turnhalle. Dort waren zu jener Zeit Lastenfallschirme, Flugzeugteile und sonstiges Wehrmachtsgut ausgelagert. Andere Vermutungen gehen davon aus, dass es die Angreifer auf eine Sämaschine abgesehen hatten, die auf einem Acker an der Sulzfelder Straße abgestellt war und die von den Jabo-Piloten wohl als militärisches Gerät angesehen wurde. Durch den Beschuss der verdächtigen Objekte fing allerdings eine Scheune Feuer und brannte ab. Neben der zerstörten Brücke der wohl größte materielle Schaden des Krieges in Segnitz.
Ausnahme für die Feuerwehr
Nach dem dritten schweren Luftangriff auf Marktbreit am 5. April 1945 bereiteten die deutschen Soldaten den Rückzug und die anschließende Sprengung der Brücke vor. Der Segnitzer Feuerwehr, die mit ihrem Löschgerät in Marktbreit im Einsatz war, verweigerte man den Übergang über die nun „scharfe“ Brücke. Die Feuerwehrmänner täuschten deshalb einen verletzten Kameraden vor, der unbedingt nach Hause gebracht werden musste und überredeten damit das deutsche Wachpersonal zu einer allerletzten Ausnahme. Ihr Löschgerät musste allerdings in Marktbreit bleiben. Hier bedurfte es etwas später einer weiteren Ausnahmegenehmigung, diesmal seitens der amerikanischen Besatzung, um die Feuerspritze nun mittels Fähre wieder zurückzuholen.
Am Abend des 5. April 1945 setzte sich die deutsche Wehrmacht schließlich von Marktbreit aus über die Segnitzer Bücke ab. Kurz darauf, gegen 22.30 Uhr stürzte das Bauwerk in den Main. Einen strategischen Vorteil brachte dieser sinnlose Akt der Zerstörung nicht. Auch bedeutete der nun fehlende Mainübergang keinerlei Zeitverlust für den ohnehin an Segnitz vorbei, über Frickenhausen, Zeubelried und Erlach nach Kitzingen und anschließend weiter über den Steigerwald ziehenden Frontverlauf.
Für Marktbreit endete das Dritte Reich einen Tag später am Freitag, 6. April 1945, um 13 Uhr mit der Übergabe der Stadt an die Amerikaner. Bereits am Vormittag waren der Stadtinspektor Adam Fuchs und zwei Frauen mit einer weißen Fahne nach Ochsenfurt gefahren und konnten die Amerikaner davon überzeugen, dass die Stadt mittlerweile militärfrei sei. Ein bevorstehender schwerer Luftangriff, der für Marktbreit und wohl auch für Segnitz verheerende Folgen gehabt hätte, konnte damit in letzter Minute gestoppt werden.
Einige Tage später in Segnitz hielt sich kurz vor dem Eintreffen der Amerikaner noch deutsches Militär auf, vermutlich die ehemalige Besatzung von Marktbreit. Ein umgekippter und mit Steinen beschwerter Kastenwagen in der Kirchstraße sollte als „Panzersperre“ bei der Verteidigung des Ortes dienen. Die Segnitzer, allen voran Pfarrer Karl Danner und Michael Reichenbach, konnten die Landser aber überreden, den sinnlosen Widerstand aufzugeben und sich über den Berg in Richtung der deutschen Stellungen abzusetzen. Anschließend beseitigte man das vorgesehene Bollwerk und hisste gegen den Willen des Bürgermeisters eine weiße Fahne am Kirchturm. Das Hakenkreuz, das seit 1934 zusammen mit einer Wetterfahne den Gemeindeturm am Main zierte, holte man rechtzeitig ein, um auch hier dem nahenden Feind keinen Angriffsgrund zu bieten.
Der Einzug der Amerikaner von Frickenhausen herauf in Stärke von drei Jeeps, die Maschinengewehre im Anschlag, beschränkte sich in der Hauptsache auf eine Dorfrundfahrt. Die Front hatte das abseits liegende Segnitz bereits überrollt und so gehörte die Einnahme des Ortes wohl eher zur Routinearbeit für die künftigen Sieger. Die Verhandlungen mit den Besatzern übernahm ein Herr Lind aus Würzburg. Dieser war der englischen Sprache mächtig und seit dem Luftangriff auf Würzburg in Segnitz einquartiert. Von nun an galten auch in Segnitz Anordnungen in Form von Sperrstunden, Vereins- und Versammlungsverboten, der Ablieferungspflicht für Waffen, Radfahrsondererlaubnissen und schließlich die Entnazifizierungsverfahren.
Hitlerbilder an den Wänden
Nach der Kapitulation von Marktbreit errichteten die Amerikaner zwischen dem heutigen Hockeygelände und der Michelfelder Straße ein großes Lazarett- und Versorgungslager am Main. Tag und Nacht waren der Fahrzeuglärm, Motorengeräusche und die Aggregate zur Wasseraufbereitung zu hören. Eines Tages fielen aus Richtung Segnitz Schüsse. Die Amerikaner unternahmen daraufhin Hausdurchsuchungen im Ort und beschlagnahmten alle verdächtigen Gegenstände. Die Wohnung der Lehrerfamilie im Schulhaus wurde, da die Lehrersfrau mit ihren Kindern geflüchtet war, aufgebrochen und die noch hängenden Hitlerbilder von den Wänden geschossen. In einem anderen Haus fiel eine Kriegervereinsmütze mit Hakenkreuzbesatz auf. Daraufhin nahm man zwei Segnitzer mit und hielt sie drei Tage im Marktbreiter Armeelager fest, bis die Urheber dieses gefährlichen Spiels, angeblich einige ehemalige Fremdarbeiter, ermittelt waren.
Mit dem Einmarsch der Amerikaner war für die Orte am Maindreieck der Krieg zwar formell beendet, die immer noch vorhandene deutsche Gegenwehr zwang die Zivilbevölkerung aber weiterhin in die Keller und bedrohte nicht nur die Besatzungsmacht. So kreiste ein deutsches Flugzeug regelmäßig in den Nächten nach der Befreiung über Marktbreit und Segnitz. Am 10. April 1945 fielen aus nicht geklärten Gründen Bomben, von denen auch eine im heutigen Biergarten des Gasthauses Schätzlein detonierte. Der dreijährige Gastwirtssohn Ferdinand Bogner stand, aufgeweckt von dem Lärm, in seinem Bettchen und wurde durch einen Splitter tödlich getroffen.
Ein weiteres Zivilopfer hat Segnitz als Spätfolge des Zweiten Weltkriegs zu beklagen. Am 8. August 1947 starb der siebenjährige Günter Kümmel durch eine deutsche Flakgranate. Bis dahin war es bei der Jugend ein beliebter Zeitvertreib, diese gefährlichen Hinterlassenschaften des Krieges zu sammeln und zu öffnen, um das Pulver zu verwerten. Bei der Explosion dieses „Spielzeugs“ verletzte ein Geschosssplitter den Jungen tödlich. Ferdinand Bogner und Günter Kümmel sind die einzigen Zivilopfer, die Segnitz zu beklagen hat. Beide starben durch deutsche Waffen. Josef Lackner, der unglückliche Jetpilot, ist dagegen das bisher einzige bekannte militärische Opfer von Kampfhandlungen auf bzw. über Segnitzer Boden. Der Zweite Weltkrieg kostete außer den beiden Kindern noch weiteren 56 Segnitzern und Angehörigen zugezogener Heimatvertriebener im militärischen Einsatz das Leben.