Jetzt wird es Zeit, die Möhren aus der Erde zu holen und frostsicher einzulagern. Richtig aufbewahrt, bleibt das schmackhafte Wurzelgemüse bis zum Frühjahr knackig frisch. Frühmöhren werden im Laufe des Sommers nach Bedarf geerntet und frisch verzehrt. Sie eignet sich nicht zum Einlagern. Lagermöhren dagegen sollte man so lange wie möglich auf dem Beet lassen. Zu früh geerntete, unausgereifte Früchte neigen auf dem Lager zum Welken und zur Fäulnis. Bei der Ernte sollen Pflanzen und Boden trocken sein. Auf jeden Fall müssen die aufgeplatzten, kranken und beschädigten Rüben aussortiert werden. Diese eignen sich nicht zum Einmieten. Auch von der Möhrenfliege befallene Früchte sollten sobald wie möglich in der Küche verbraucht werden und nicht mit den gesunden Rüben in Kontakt kommen. Gelangen sie ins Lager, wandern die Maden der Möhrenfliege zwischen den Möhren umher und befallenen nach und nach einen Teil der intakten Rüben. Bei den gesunden Möhren werden die Erdbatzen mit der Hand abgestreift. Eine grobe Reinigung genügt.

Keinesfalls dürfen die Rüben vor dem Einlagern gewaschen werden. Dies fördert Pilzbefall und Fäulnis. In einem Arbeitsgang kann man auch gleich das Laub abdrehen. Wer ein Messer dazu verwendet, sollte darauf achten, dass der Wurzelkopf nicht verletzt wird. Werden die Möhren mit Blättern eingelagert, vertrocknen sie schneller und sind nicht so lange lagerfähig. Als Lager eignen sich Erdmieten, Frühbeetkasten, Keller, Schuppen oder anderer frostfreier Räume. Sachgemäß gelagerte der Möhren halten bis zum Frühjahr. Da Möhren nur einen geringen Verdunstungsschutz besitzen und bei trockener Raumluft sehr viel Wasser abgeben und dann schnell schrumpelig werden, ist es sinnvoll, eine möglichst hohe Luftfeuchtigkeit von 80 bis 95% im Lagerraum zu halten. Moderne Hauskeller sind in der Regel viel zu trocken. Ein Einschlagen in feuchten Sand schafft dabei Abhilfe. Dieser ist aber ständig zu kontrollieren, damit er gleichmäßig feucht bleibt. Es sollten auch nicht zu große Behälter verwendet werden. Am besten eignen sich Eimer oder Kisten.

Möhren schmecken gelegentlich bitter. Meist liegt es daran, dass die Gelben Rüben in der Küche neben Obst wie Äpfel oder Bananen gelagert werden. Diese Früchte verströmen das Reifegas Ethylen. Das löst bei Möhren die Bildung des unangenehm schmeckenden Iso-Cumarins aus.

Der schwarze Rettich ist wegen der guten Haltbarkeit bis weit in den Winter in ein sehr beliebt. Er verträgt 5 bis 6° minus. Wenn er mit Laub oder einem Vlies zugedeckt wird, kann der Frost kaum in den Boden. Dann ist eine laufende Ernte bis Ende Dezember möglich. Am sichersten ist es aber, wenn der schwarze Rettich vor einer großen Frostperiode ausgegraben und wie Möhren eingewintert wird.