Mit der Urkunde vom „Freitag nach dem heiligen pfingsttag Anno 1525“, am 9. Juni 1525, nahm Markgraf Casimir zu Brandenburg das Dorf Segnitz „mit leuthen und güttern auff Ir underthenig demüttig anruffen“ in seine „gnad und ungnad“ auf. Damals herrschten unruhige Zeiten. Seit Frühjahr 1525 tobte der Bauernkrieg, dem im Mai 1525 auch die bisherige Segnitzer Mitdorfsherrschaft, das Kloster Auhausen, zum Opfer fiel und das nun unter markgräflicher Verwaltung stand. Für den Schutz der Segnitzer sorgte zunächst der Brandenburgische Hausvogt und Rat Christof von Fronhofen.

Dieser Schutz, den die Segnitzer angeblich untertänig und demütig erflehten, bedeutete wohl auch eine gewisse Überwachung, um die Segnitzer von den Aufständischen fernzuhalten. Und das war auch ihr Glück; denn Casimir übte nach der Niederschlagung der Bauernrevolte grausame Rache an den rebellischen Dörfern was ihm den Beinamen „Bluthund“ einbrachte.

Nach Beendigung der „praurischen auffrur“ unterstellten die Markgrafenbrüder Casimir und Georg der Fromme Schutz und Verwaltung von Segnitz wiederum dem Prälaten des Klosters von Auhausen. Mit der Urkunde vom 30. November 1526 nahm man die Segnitzer in Treue-, Gehorsams- und Abgabenpflicht gegenüber der neu installierten Klosterverwaltung.

Nach dem Tod seines Bruders Casimir im Jahr 1527 führte Markgraf Georg in seinen Gebieten allmählich die Reformation ein. 1530 musste Georg Truchseß von Wetzhausen, der letzte Abt von Auhausen und einstige Stifter des Baugrundes für das Segnitzer Schulhaus, nach Eichstätt fliehen. Das Kloster wurde reformiert und im Jahr 1537 schließlich aufgelöst.

Über Segnitz herrschten indessen bis 1791 die Markgrafen gemeinsam mit den Freiherren von Zobel. Dann regierten die Preußen und die Zobel das Dorf, ab 1797 nur noch die Preußen, 1803 die Bayern, 1806 die Würzburg-Toskaner und letztlich ab 1814 wieder und nun endgültig die Bayern.