Lange Jahre war Josef Scheper stellvertretender Institutsleiter an der Bundesanstalt für Fleischforschung in Kulmbach (heute Max Rubner-Institut) und zuletzt, bis zu seinem Ausscheiden aus dem aktiven Dienst, Leiter des Instituts für Fleischerzeugung und Vermarktung.

Scheper blieb Zeit seines Lebens seiner südoldenburgischen Heimat eng verbunden, hat aber dennoch in Kulmbach eine zweite geliebte Heimat gefunden. Er war von 1957 bis 1986 an der Bundesanstalt tätig und galt als einer der Pioniere, die trotz kräftig wachsenden Mengenkonsums vorausschauend auf Qualitätsprobleme bei Fleisch hinwiesen. Als einer der ersten Wissenschaftler weltweit hat er bereits 1959 mit großen Reihenuntersuchungen zur Qualität von Schweinefleisch begonnen.

Mit seinen Untersuchungen zu den Handelsklassen für Fleisch gelang es ihm, Ansätze zu erarbeiten, die für die Lösung der Qualitätsprobleme bis heute Gültigkeit
haben. Seine wissenschaftlichen Verdienste um die Fleischforschung und die hohe menschliche Wertschätzung, die er genoss, wurden 1993 mit der Verleihung der Rievel-Medaille der Bundesanstalt gewürdigt. Im Ruhestand blieb er bis in jüngste Zeit seiner "Bufo" mit wachem Interesse verbunden. In der Öffentlichkeit trat er als Ruheständler bis 2010 vor allem mit der jahrzehntelangen Leitung des Katholischen Kulturkreises hervor.