An der Aurach wurde der Seuchenheilige gleichsam zum Stadtheiligen. Auf Initiative von Stadtpfarrer Trossler wurde 1505 an der Südseite der Pfarrkirche ein erster Sebastian-Altar eingeweiht.

Es könnte jedoch auch sein, dass die Verehrung des Heiligen in der Stadt noch älter ist. Heimatforscher Luitpold Maier schreibt 1934, dass im Sockel des Altars in der Marienkapelle ein Reliquiengrab entdeckt worden sei, welches sogar Überreste des Heiligen enthalten hat, die bereits 1401 an diese Stelle gebracht worden waren.

Es ist durchaus möglich, dass die Verehrung des Heiligen also schon im 14. Jahrhundert erfolgte, denn aus dieser Zeit stammen die die ältesten Fresken in unserer Pfarrkirche, die nach Augenzeugenberichten von Luitpold Maier Abbildungen des Hl. Sebastian enthalten haben sollen.

Sebastian genoss bis Ende der 60er Jahre große Verehrung. Vor ca. 50 Jahren waren noch alle Dienststellen der Stadtverwaltung geschlossen, die Schulkinder konnte sich über einen freien Tag freuen und die katholische Bevölkerung des Umlandes strömt in die Stadt, um in der Pfarrkirche die Sakramente zu empfangen und selbst im Pfarrhaus wurde damals die Beichte abgenommen.

Pfarrer Rathgeber hatte die Sebastiani-Bruderschaft wieder aufleben lassen. Durch sein Engagement wurde auch der Altar des Heiligen (südlicher = rechter) Seitenaltar, der zwischenzeitlich entfernt worden war, wieder aufgestellt und die Bruderschaft wieder neu ins Leben gerufen. Die Sebastiani-Figur von G.J. Mutschele (um 1780) geschaffen ist Mittelpunkt der Herzogenauracher Sebastian-Verehrung.

Der heilige Sebastian wird auf allen Abbildungen und Statuen gleichermaßen dargestellt: Der spärlich bekleidete Märtyrer ist an einen Pfahl gebunden und von Pfeilen durchbohrt. Dass man, besonders in Pestzeiten seine Hilfe erflehte, lag daran, dass früher weitgehend die Auffassung herrscht, die Pest werde von Pestengeln oder Dämonen durch geheimnisvolle Pfeile ausgelöst.